《大広間》
　ここは、藩主が他藩の使節等と対面する際に使用した大広間を復元しています。向かって左奥が、藩主が対面する部屋です。向かって右手の部屋では、企画展やイベントが行われます。

《書院》
　ここは、藩主が日常政務をとる書院の外観を復元しています。内部は、古代から近現代にかけての佐土原の歴史をわかりやすく展示・解説しています。

　佐土原町広瀬の二ツ建地区にある天神社（現在の二ツ建神社）の社家に伝わる絵巻物で、現在、当館に寄託されています。近世初頭の慶長11年（1606）の作で、宮崎市の有形文化財に指定されています。

　錦の御旗とは、朝廷の軍（官軍）の旗印のことで、鳥羽･伏見の戦いに始まる戊辰戦争時に新政府軍が使用しました。展示品は、明治元年（1868）６月５日、佐土原藩主島津忠寛が佐土原藩兵を率いて参内した際、明治天皇から賜ったもので、現物は宮崎県総合博物館に所蔵されています。

　明治９年（1876）、旧佐土原藩主島津忠寛の三男･島津啓次郎によって設立された私学校の印です。啓次郎は安政３年（1856）佐土原の生まれ。明治３年に勝海舟の薦めでアメリカに留学。同９年に帰国後は佐土原に戻り、廃寺となった三納（西都市）の国昌寺跡で「自立舎」と名づけた学習会を開始します。その後、広瀬天神山に「」を設立しましたが、翌年西南戦争が勃発すると西郷軍に参加し、明治10年９月24日、西郷隆盛らと鹿児島の城山にて戦死しました。

　明治10年（1877）の西南戦争で西郷軍が使用した軍票です。佐土原町広瀬の瓢箪島で製造されました。西郷軍の支配下にあった地域で流通しましたが、西郷軍の敗北にともないその価値を失い、明治政府からの補償もなかったため、これを引き受けた商家なが没落するなど、経済的ダメージは深刻なものがありました。

西郷札

　ほかにも当館では古代から近現代にかけての多くの史資料が展示してあります。

《数寄屋》
　　ここは、茶室などで使用された数寄屋の外観を復元しています。内部は、佐土原の伝統工芸品である佐土原人形などの展示室として使用しています。

数寄屋内部

　ここは、佐土原藩の「御普請所」跡地です。発掘調査の結果、根石遺構が発見されています。この遺構を土中に保存し、平成７年(1995)７月に今の施設が開館しました。現在は佐土原町域の文化財・歴史資料の収蔵・保存等に利用されています。

《展示研究室》
　玄関を入ってすぐ右手に広がるスペース。通常は佐土原城跡の出土遺物の展示をおこなっており、企画展示等でも使用しています。

《展示室》
　佐土原町域の民具等を展示しています。

《屋外展示》
　出土遺構をもとに、御普請所建物の基礎部分を復元しています。

《図書室》
　古文書講座等でも使用しています。

展示研究室

展示室

屋外展示

図書室

　阪本家は江戸時代から続いた味噌・醤油醸造販売を営む旧商家で、この建物は明治38年（1905）に建築されました。平成12年（2000）５月、宮崎市の有形文化財に指定されています。
　佐土原の町の旧商家の建物は、切妻屋根造りに妻から入る基本の型と、この型の２・３軒分の土地に切妻屋根造りまたは入母屋根造りに平から入る型に分かれます。
　旧阪本家の建物は、後者の「重層入母屋根造りの平入り」型になります。
　この地周辺は、江戸時代、佐土原藩の町人町として位置づけられ、城が広瀬に移った後の明治期以降も旧城下の町人町として栄えました。しかし、近年古くからの建物が少なくなっていくなかで、阪本典章氏から建物寄贈を受け、旧佐土原町によって保存のための改修工事が施され、商家資料館として活用しています。