築城は中世佐土原を支配した田島氏ですが、城主はその後親類の伊東氏となり、戦国時代に島津氏が、関ヶ原の戦いで城主が戦死した後は徳川家康の家臣が支配し、江戸時代の開始と共に島津氏の支族が治めました。江戸時代には、現在鶴松館のある場所に屋敷を設け、佐土原藩主の本城として、広瀬城に転城となる明治二年まで使用されました。
中世の山城の多くは江戸時代開始と共に廃城になったため、佐土原城は極めて珍しい城といえます。
平成16年9月に国史跡に指定され、発掘調査と整備事業を行っておりますが、平成30年の台風被害により、立ち入りが制限されています。
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